Das Wissenschaftskolleg Kristallographie ist ein beratendes Gremium für Fragen von grundsätzlicher Bedeutung, die das Gesamtgebiet der Kristallographie in Forschung, Lehre und Publikationen sowie alle Aspekte der Arbeit der Gesellschaft betreffen. Es wird nur in konkreten Angelegenheiten vom Vorstand berufen, wenn diese zu weitreichend für eine einfache Vorstandsentscheidung sind, aber zu komplex, um auf den Sitzungen des gesamten Vorstands und Beirats behandelt zu werden. In diesen Fällen kann mit dem Wissenschaftskolleg eine Gruppe von Wissenschaftlern berufen werden, welche das Fach Kristallographie in ihrer ganzen Breite vertreten, und das Thema vertieft untersuchen könne.
Das Wissenschaftskolleg Kristallographie trat zuletzt 2023 zusammen und wurde nach Erfüllung seiner Aufgabe freigestellt.